História EÚ začína motívmi ich založenia. Európske štáty boli po druhej svetovej vojne oslabené a konfrontované Sovietskym zväzom. Pre Európu bolo preto dôležité: zabezpečenie mieru, príslušnosť k spoločným hodnotám, zvýšenie hospodárskeho blahobytu, väčší vplyv v zahraničnej a bezpečnostnej politike a sloboda a mobilita.
Proces integrácie začína 5. mája 1949, kedy bola založená Rada Európy. Je to prvý pokus o zbližovanie európskych štátov. Dodnes oslavujeme Deň Európy 9. mája, kedy v roku 1950 Robert Schuman (francúzsky minister zahraničných veci) predstavil „Schumanov plán“. Vypracovala ho skupina okolo Jeana Monneta. Na základe toho podpísali 18. apríla 1951 Belgicko, Francúzsko, Holandsko, Luxembursko, Nemecko a Taliansko zmluvu o Európskom spoločenstve uhlia a ocele (ESUO). ESUO podriadilo celú výrobu uhlia a ocele členských krajín spoločnému Vysokému úradu. To umožnilo kontrolu, plánovanie a využitie priemyselného odvetia, ktoré bolo veľmi dôležité pre vojenskú výrobu.
V máji 1952 mal nasledovať ďalší krok. Šesť členských štátov ESUO podpísalo zmluvu o založení Európskeho obranného spoločenstva (EOS), ktoré navrhol René Pleven (francúzsky predseda vlády). EOS si dalo za cieľ založenie spoločnej európskej armády. Kvôli odmietnutiu vo francúzskom parlamente ale EOS stroskotalo. Ďalším veľkým krokom pri vzniku EÚ bolo podpísanie Rímskych zmlúv 25. marca 1957. Tým sa založilo EHS (Európske hospodárske spoločenstvo) a Euratom (Európske spoločenstvo pre atómovú energiu). Spolu sa tie spoločenstvá nazývajú Európske spoločenstvá (ES) a od Maastrichtskej zmluvy tvoria prvý pilier EÚ. EHS sa v roku 1993 premenovalo na Európske spoločenstvo (ES).
V rámci EHS mala by byť vytvorená colná únia, ktorá mala znížiť obchodné prekážky a umožniť spoločné vonkajšie clo. Navyše mala zmluva o EHS za cieľ vytvorenie spoločného trhu s voľným pohybom osôb, služieb a kapitálu a na to nevyhnutné podmienky. Euratom mal podporovať a zároveň aj kontrolovať výstavbu a rozvoj jadrového priemyslu v členských štátoch. Parlamentné zhromaždenie ESUO a súdny dvor, ktoré boli pre spoločenstvá spoločné, boli v roku 1958 nahradené parlamentným zhromaždením (budúci parlament) a Európskym súdnym dvorom.
Po zlyhaní EOS prišlo k ďalšej kríze. Fouchetové plány, pokus vytvoriť všeobecný politický rámec pre spoluprácu medzi štátmi EHS, zlyhali. Rozšírenie kvalifikovanej väčšiny v Rade ministrov od roku 1966, tak ako to bolo v Rímskych zmluvách po prechodnej lehote plánované, odmietlo Francúzsko politikou „prázdneho kresla“. Charles de Gaulle sa od 1. júla 1965 nezúčastňoval na grémiách EHS. Podľa francúzskej interpretácie Luxemburského kompromisu, na základe ktorého sa pri kontroverzných témach mal hľadať konsenzus, mala každá krajina právo veta. Tým Francúzsko zabránilo EHS získať autonómnu právomoc v niektorých záležitostiach a vstupu Veľkej Británie do ES. Až vystriedanie francúzskeho vedenia a nástup politika Georgea Pompidoua uvoľnilo krízu ES. V roku 1973 sa k ES pridala Veľká Británia, Dánsko a Írsko.
Vybudovanie centrálnych pilierov Rímskych zmlúv si vyžiadalo doplnenie integrácie ďalšími opatreniami. Sedemdesiate roky sú ovplyvnené týmito zmenami: zavedenie vlastných finančných príjmov, právo veta pre Európsky parlament v rozpočtovej politike, formulovanie cieľa spoločnej hospodárskej a menovej politiky ako doplnok spoločného trhu, založenie Európskej rady, zavedenie Európskeho menového systému a prvé priame voľby do Európskeho parlamentu. V osemdesiatych rokoch prišlo k južnému rozšíreniu. Do ES vstúpili Grécko (1981), Španielsko a Portugalsko (1986). Rozšírením stúpol aj reformný tlak. K zásadným zmenám však nedošlo. Kríza európskej integrácie, ktorá trvala až do roku 1986, je známa ako Euroskleróza.
Ďalším míľnikom integrácie bol Jednotný európsky akt schválený na Luxemburskom vrcholnom summite v roku 1985. Jednotný európsky akt rozširuje, opravuje a zásadne dopĺňa Rímske zmluvy. Vnútorný trh mal byť zrealizovaný do 31.12.1992, rozhodnutia kvalifikovanej väčšiny boli rozšírené, parlament bol posilnený, právomoci ES boli rozšírené do oblasti ekologickej, výskumnej, technologickej a sociálnej politiky. Zároveň prišlo k zásadnej zmene v Európe: rozpadu Sovietskeho zväzu a tým ukončeniu rozdelenia Európy. Odvtedy slobodné štáty strednej Európy smerovali k západným štruktúram. Lákali ich úspechy európskej integrácie. V decembri 1991 došlo v Maastrichte k najrozsiahlejšej reforme Rímskych zmlúv. Maastrichtská zmluva alebo zmluva o Európskej únii bola schválená vo februári 1992. Odteraz pomenovaná Európska Únia (EÚ) sa opiera o tri piliere: Európske spoločenstvá, spoločnú zahraničnú a bezpečnostnú politiku a spoluprácu vlád EÚ v oblasti spravodlivosti a vnútorných vecí.
Na základe Delorsovej správy sa rozhodlo pre Hospodársku a menovú úniu (EMU) a realizáciu v troch stupňoch. Tento proces viedol v roku 2002 k zavedeniu spoločnej európskej meny Eura. Okrem iného boli rozšírené aj oblasti Európskeho spoločenstva a posilnené právomoci parlamentu. V roku 1995 došlo k tretiemu kolu rozširovania: Rakúsko, Švédsko a Fínsko sa stali novými členmi EÚ. Amsterdamská zmluva je ďalší významný míľnik. Aj napriek tomu, že prispela k ďalšej integrácii, nedokázala EÚ pripraviť na východné rozširovanie. Nasledovala Zmluve z Nice (2000), ktorá zaviedla: zmenšenie Komisie na 25 komisárov (pre EÚ s 27 členmi ostala otázka počtu komisárov nedoriešená), systém kvalifikovanej väčšiny bol skomplikovaný (trojnásobná väčšina) a rozhodnutie kvalifikovanej väčšiny len nedostatočne rozšírené. Najväčší úspech v Nice bol podpísanie Európskej charty ľudských práv.
Paralelne k reformným snahám viedla EÚ rokovania o členstve s krajinami zo strednej a východnej Európy. Dňa 1. mája 2004 vstúpili do EÚ Estónsko, Lotyšsko, Litva, Poľsko, Slovensko, Česká Republika, Maďarsko, Slovinsko, Malta a Cyprus. Nasledovalo ich Rumunsko a Bulharsko v roku 2007. Poslednou pristupujúcou krajinou bolo Chorvátsko v roku 2013. Odvtedy má Európska únia 28 členských štátov. V roku 2016 si Spojené kráľovstvo v referende odhlasovalo vystúpenie z Európskej únie. Odchod je naplánovaný na 29. marec 2019, kedy Európsku úniu historicky prvýkrát opustí členská krajina.
Lisabonská zmluva, ktorou sa mení a dopĺňa Zmluva o Európskej únii a Zmluva o založení Európskeho spoločenstva, podpísaná 13. decembra 2007 s účinnosťou od 1. decembra 2009, je poslednou zmluvnou úpravou fungovania EÚ. Zmluva je do značnej miery inšpirovaná Zmluvou o Ústave pre Európu, ktorá mala nahradiť zakladajúce zmluvy EÚ jediným textom. Bola podpísaná v Ríme 29. októbra 2004, ale jej ratifikácia nebola úspešná, keď ju v národných referendách odmietlo Francúzsko a Holandsko. Zmluva prvýkrát stanovuje oficiálny postup pre prípad, že krajina EÚ chce z EÚ vystúpiť (Článok 50 ZEÚ). Zmluva rieši inštitucionálne zmeny, politiky EÚ a posilňovanie demokracie.